Poslaním Eurojustu je podporovať a posilňovať koordináciu a spoluprácu medzi vnútroštátnymi orgánmi zodpovednými za vyšetrovanie a stíhanie závažnej trestnej činnosti, ktorá sa týka dvoch alebo viacerých členských štátov alebo ktorá si vyžaduje trestné stíhanie na spoločnom základe, a to na základe operácií vykonaných a informácií poskytovaných orgánmi členských štátov a Europolom.