Do pôsobnosti Štátnej kúpeľnej komisie patrí:
a) rozhodovať o uznaní prírodných liečivých vôd, prírodných minerálnych vôd a klimatických podmienok vhodných na liečenie a o zrušení ich uznania,
b) vydávať povolenia na prevádzkovanie prírodných liečebných kúpeľov a kúpeľných liečební a rozhodovať o ich zrušení,
c) vydávať povolenia využívať prírodné liečivé zdroje a prírodné minerálne zdroje, rozhodovať o ich zmene, zrušení a vyznačení zmeny údajov,
d) vydávať povolenia na úpravu prírodnej liečivej vody a prírodnej minerálnej vody, ich zmeny a zrušenie,
e) predkladať ministerstvu zdravotníctva návrh na uznanie kúpeľného miesta a jeho zrušenie,
f) na návrh obce predkladať ministerstvu zdravotníctva návrh štatútu kúpeľného miesta, jeho zmenu a zrušenie,
g) predkladať návrhy všeobecne záväzných právnych predpisov, ktorými sa určujú ochranné pásma prírodných liečivých zdrojov, prírodných minerálnych zdrojov a klimatických podmienok vhodných na liečenie, ich zmien a zrušení ministerstvu zdravotníctva,
h) rozhodovať o uložení pokuty podľa § 47 a 48,
i) viesť zoznam akreditovaných laboratórií,
j) vydávať poverenia na výkon činnosti balneotechnika, zrušovať takéto poverenia a uznávať odbornú spôsobilosť podľa § 22 ods. 6, zabezpečovať doplňujúce odborné vzdelávanie podľa § 22 ods. 3,
k) určovať neodkladné ochranné opatrenia podľa § 37,
l) predkladať návrhy podľa § 39 ods. 2 písm. b) na vyvlastnenie nehnuteľnosti,
m) vydávať stanoviská vo veciach, v ktorých je ministerstvo zdravotníctva podľa tohto zákona dotknutým orgánom štátnej správy,
n) kontrolovať plnenie zákonom ustanovených podmienok a podmienok ustanovených v povolení využívať zdroj,
o) posudzovať projektovú dokumentáciu stavby zariadenia na využívanie prírodného liečivého zdroja a prírodného minerálneho zdroja podľa § 15 ods. 1 a 2,
p) určovať opatrenia na odstránenie zistených nedostatkov podľa tohto zákona,
r) vydávať súhlas podľa ustanovení tohto zákona,
s) poverovať osoby vypracovaním posudkov a vyjadrení,
t) posudzovať návrhy všeobecne záväzných právnych predpisov v pôsobnosti ministerstva zdravotníctva na úseku prírodných minerálnych vôd, prírodných liečivých vôd, prírodných liečebných kúpeľov a klimatických podmienok vhodných na liečenie.